De esta forma quedó establecida la Cofradía de Mercaderes y Comerciantes bajo el patronato de San Joaquín, en la iglesia del Convento de Santo Domingo, en la calle de Predicadores.

Los fines de la Hermandad, vigentes en la actualidad, eran prestar apoyo moral y material a sus miembros en los casos de aflicción, enfermedad o indigencia y proporcionar auxilios de toda índole a los hermanos vivos o difuntos.

La vida de la Hermandad transcurrió con normalidad hasta 1807, según se recoge en diversos documentos de la Hermandad, como el Libro de Relación de Cuentas Espirituales, quedan los Mayordomos de la Cofradía de San Joaquín.  Año 1653 y sigue adelante o el Libro del cobro de miajas y entradas de cofrades en la Cofradía del Señor San Joaquín de mercaderes comerciantes.  Empieza el año 1795 o el Libro de Actas que contiene las actas de la Hermandad desde el Capítulo General celebrado el 20 de julio de 1796 y que enlaza con los actuales libros de actas.

En el segundo de los libros mencionados, legalizado con el sello de la Corona por 40 maravedíes, vemos cómo en 1798 fueron reformadas las primitivas ordinaciones y sustituidas por otras nuevas, aprobadas por mandato real el 26 de abril de 1800.

Entre 1807 y 1814, años de la guerra de la independencia, no se celebraron Capítulos Generales ni se reflejó ninguna actividad en los libros de actas.

El 6 de junio de 1814 se celebró el primer Capítulo General tras la guerra. En él se dio cuenta del estado en que se encontraba la capilla de la Hermandad, después de haber sido utilizada por las tropas francesas para depósito de pertrechos de guerra, y se decidió cobrar 6 anualidades, que se habían dejado de percibir, para restaurar la capilla, como se hizo.

Pero la Cofradía fue perdiendo esplendor.  Desde 1819 los ingresos disminuyeron y el lugar habitual de reunión, el convento de Santo Domingo, fue sustituido por la casa del mayordomo.

En 1834 se hizo notar que en los últimos años había dificultad para encontrar mayordomo por lo que se autorizó elegirlo entre los hermanos espirituales. Ésta es la última acta de la época, aunque el 18 de febrero de 1838 se publicó una esquela convocando a junta en las Escuelas Pías para tratar del traslado de la capilla a la Parroquia de San Pablo.

Desde esta fecha no hay ninguna noticia escrita de la Hermandad, ni siquiera en el libro de actas, y de ello queda constancia en el mismo libro, en la página siguiente al acta de 1834, donde se constata que todo lo que se sabe de la Cofradía es por relación verbal de D. Manuel Dronda Azcárraga, único cofrade antiguo superviviente y a cuya iniciativa se debe el restablecimiento de la Cofradía, con el título de Hermandad de Comerciantes, bajo el Patronato de San Joaquín.

Este caballero conservaba algunas propiedades de la Hermandad, como la reliquia, el portapaz o algunos documentos.  Además, donó a ésta reproducciones de algunos objetos que se habían perdido, como la lámpara de plata o el tapiz funerario de San Joaquín.

El restablecimiento, que contó con el apoyo del Arzobispado, se produjo en una Junta General celebrada el 24 de abril de 1897, en el Palacio Arzobispal.  Estuvo presidida, en representación del Arzobispo, por el Deán, D. Lázaro Bauluz, y a ella habían sido convocados los comerciantes de Zaragoza.

La Hermandad de Comerciantes se restablecía para favorecer la relación entre los comerciantes y sus dependientes y tratar de resolver dos problemas que preocupaban a las autoridades eclesiásticas: la usura y la falta de cumplimiento de la santificación de los domingos y festivos.

El Deán indicó, en el acto del Restablecimiento, que:

El objeto de la reunión era restablecer la Hermandad, seguro de que con ello se reportarían ventajas indudables, pues se fortalecerán más y más, con los auxilios de la Santa Madre Iglesia, los lazos que existen o deben existir entre los jefes de las casas mercantiles y sus dependientes.  Por otra parte, los temores que una vida eterna infunde a toda persona piadosa, preciso es que se extiendan hasta esas gentes que, faltas de fe cristiana, no encuentran otros placeres que los que produce la usura, llaga que es preciso extirpar y a ello puede contribuir mucho el restablecimiento de la Hermandad.

Por su parte, D. Joaquín González Marco, primer Director Eclesiástico de la Hermandad, hizo énfasis, el día de su toma de posesión, 10 de junio de 1898, en uno de los fines de la Cofradía: Hacer observar la santificación de los domingos y festivos; y en su deseo de que se hiciera algo para lograr (en esas fechas) el cierre de los establecimientos de comercio.

El primer Presidente de la restablecida Hermandad fue D. José Montañés y Blasco.  El nuevo Reglamento fue aprobado el 4 de abril de 1899 por el Arzobispo D. Vicente Alda y Sancho, quien, a su vez, autoriza la elección canónica de la Hermandad en la iglesia de Sta.  Isabel, en la que desde entonces tiene altar propio.  La inauguración oficial tuvo lugar el 19 de junio de 1899 en la iglesia de San Gil (por estar en obras la iglesia de Sta. Isabel).